La vacuna del neumococo conjugada, tanto la 13-valente (Prevenar 13) como la 20-valente (Apexxnar), son muy seguras.

Pueden dar dolor o hinchazón leve en el lugar de la inyección, que cede espontáneamente en 1 o 2 días. Ocasionalmente, los síntomas locales pueden ser algo más intensos, pero mejoran fácilmente con analgésicos o frío local. Excepcionalmente puede ocasionar fiebre en las siguientes 24-48 horas. En estos casos, se debe descartar que la persona tenga a la vez otro proceso, normalmente de tipo infeccioso, incluyendo una infección por COVID-19, por lo que se recomienda siempre consultar a su médico.

Otros síntomas como cansancio, dolor de cabeza, manchas en la piel, son raros.